Disciplina de pós-graduação no 1^o semestre de 2003, QP-399:
Tópicos Especiais em Físico-Química IX:
“Relações entre Estrutura e Propriedade/Reatividade/Atividade Biológica”
pelos Profa. Dra. Márcia M. C. Ferreira e Dr. Rudolf Kiralj,
Instituto de Química, UNICAMP. Horário: 3a. e 5a., 19h às 21h.
Contato: marcia@iqm.unicamp.br, rudolf@iqm.unicamp.br
 

A postgraduation course in the 1st semester of 2003, QP-399:
Special Topics in Physical Chemistry IX:
“Relationships Between Structure and Property/Reactivity/Biological Activity”
by Prof. Dr. Márcia M. C. Ferreira and Dr. Rudolf Kiralj,
Institute of Chemistry, UNICAMP. Schedules: Tuesday and Thursday, from 7 to 9 PM.
Contact: marcia@iqm.unicamp.br, rudolf@iqm.unicamp.br

EMENTA

Análise Multivariada

Introdução.
Análise exploratória dos dados:
PCA – análise de componentes principais.
HCA – análise hierárquica de agrupamentos.
Construção de modelos de regressão:
PCR – regressão por componentes principais.
PLS – regressão por mínimos quadrados parciais.
Construção de modelos de classificação (reconhecimento de padrões):
KNN,
SIMCA.

Química Estrutural e Teórica

Introdução.
Parâmetros estruturais de átomos, moléculas pequenas e macromoléculas.
Análise conformacional estrutural.
Simetria molecular e estereoquímica.
Ligações de hidrogênio.
Interações intra- e intermoleculares.
Complexos moleculares.
Simetria cristalina.
Empacotamento cristalino.
Banco de dados cristográficos.
Breve revisão das teorias aplicadas em química teórica, computacional e estrutural.
Introdução à teoria dos grafos.
Uso de dados estruturais em química teórica.
Análise conformacional computacional.
Otimização de geometria de  complexos moleculares.

QSAR/QSPR

Introdução.
Quantidades em (Q)SAR/(Q)SPR.
Descritores moleculares globais e locais.
Descritores de complexos moleculares e de empacotamento cristalino.
Descritores de reatividade e propriedades magnéticas.
Metodologia de (Q)SAR/(Q)SPR.
QSAR-3D.
Técnicas de visualização de moléculas, complexos moleculares, densidade eletrônica e empacotamento cristalino.
Molecular graphics a nível qualitativo e quantitativo.
Princípios básicos de modelagem molecular.
Docking.
Farmacóforos.

CONTENTS

Multivariate Analysis

Introduction.
Exploratory data analysis:
PCA - principal component analysis.
HCA - hierarchical cluster analysis.
Building the regression models:
PCR - principal component regression.
PLS - partial least squares regression.
Building the models for classification (pattern recognition):
KNN.
SIMCA.

Structural and Theoretical Chemistry

Introduction.
Structural parameters of atoms, small molecules and macromolecules.
Structural conformational analysis.
Molecular symmetry and stereochemistry.
Hydrogen bonds.
Intra- and intermolecular interactions.
Molecular complexes.
Crystal symmetry.
Crystal packing.
Crystallographic data bases.
Brief overview on theories used in theoretical, computational and structural chemistry.
Introduction to graph theory.
Use of structural data in theoretical chemistry.
Computational conformational analysis.
Geometry optimization of molecular complexes.

QSAR/QSPR

Introduction.
Quantitites in (Q)SAR/(Q)SPR.
Global and local molecular descriptors.
Descriptors of  molecular complexes and crystal packing.
Reactivity and magnetic property descriptors.
Methodology of (Q)SAR/(Q)SPR.
QSAR-3D.
Visualization techniques for molecules, molecular complexes, electron density and crystal packing.
Molecular graphics at qualitative and quantitative level.
Basic principles of molecular modeling.
Docking.
Pharmacophores.

BESIDES THEORETICAL LECTURES, THE COURSE INCLUDES PRACTISE, EXERCISES, PRESENTATION OF WORKS FROM LITERATURE AND OWN PROJECTS.

Material de curso para fazer download / Course material to download

Notas de Aulas 4, 16-28 são disponíveis em formato .pdf pequeno (2 páginas originais numa só) no link português, e formato .pdf grande (1 página original numa página de pdf) no link inglês. Escolha a opção melhor para você!
Lecture Notes 4, 16-28 are available im small .pdf format (2 original pages in only one) on the portuguese link, and big .pdf format (1 original page in one pdf page) on the english link. Choose the better option for you!

As Notas de Aulas, Exercícios e os Suplementos são o propriedade de Laboratório de Quimiometria Teórica e Aplicada, Instituto de Química, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, e portanto se podem usar somente para ensino e atividade didáticas/educativas (aprendizagem) com citação adequada! É proibído usar este material ou idéas apresentadas para fazer qualquer trabalho, escrever textos e fazer qualquer outra coisa onde o conteudo é modificado e/ou autoria nomeada diferente do que nestes documentos originais!/
The Lecture Notes, Exercises and the Supplements are the property of the Laboratory of Theoretical and Applied Chemometrics, Institute of Chemistry, The State University of Campinas, Campinas, SP, and so they can be used only for teaching and didactive/education purposes (learning) with adequate citation! It is prohibited to use this material or represented ideas to make any kind of work, to write texts or make any other stuff where the content is modified and/or the authorship named differently than in these original documents!

NOVO!
AVISO: Após da data oficial do fim do semestre, o material do curso (as Notas de Aulas, Exercícios e Suplementos) não são mais disponíveis para fazer download. Quem precisa algum material, por favor entrar em contato com Profa. Márcia ou Rudolf./
NEW!
ANNOUNCEMENT: After the official date of the end of the semester, the course material (the Lecture Notes, Exercises and Supplements) are not more available for download. Who wants some material, please contact Profa. Márcia or Rudolf.
 

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–EMENTA (em português)
CONTENTS (in portugese)

–Aula No. 1 (18 de fevereiro de 2003): Introdução ao Curso (em português)
Lecture No. 1 (18 February 2003): Introduction to the Course (in portugese)

–Aula No. 2 (20 de fevereiro de 2003): Introdução à Análise Multivariada. Pré-Processamento dos Dados (em português)
Lecture No. 2 (20 February 2003): Introduction to Multivariate Analysis. Data Preprocessing (in portugese)

–Aulas No. 3, 5, 6 e 7 (25 de fevereiro, 11, 13 e 18 de março de 2003): Análise Exploratória, partes I, II, III e IV (em português)
Lectures No. 3, 5, 6 and 7 (25 February, 11, 13 and 18 March 2003): Exploratory Analysis, parts I, II, III and IV (in portugese)

–Aula No. 4 (27 de fevereiro de 2003): Introdução à Química Estrutural. Propriedades Atômicas (em inglês)
Lecture No. 4 (27 February 2003): Introduction to Structural Chemistry. Atomic Properties (in english)

–Aulas No. 8, 9, 10 e 11 (20, 25 e 27 de março, e 1 de abril de 2003): Modelos de Regressão, partes I, II, III e IV (em português)
Lectures No. 8, 9, 10 and 11 (20, 25 and 27 March, and 1 April 2003): Regression Models, parts I, II, III and IV (in portugese)
–Exercícios I/ Exercises I:Lista dos Exercícisos I (em português)/List of Exercises I (in portugese)Dados I/Data I

–Aula No. 12 (3 de abril de 2003): Interpretação de trabalho da literatura, da escholha livre, da área de quimiometria aplicada - 6 apresentações pelos estudantes (em português)
Lecture No. 12 (3 April 2003): Interpretation of literature works, by free choice, from the area of applied chemometrics - 6 presentations by students (in portugues)

–Aula No. 13, 14 e 15 (8, 10 e 15 de abril de 2003): Modelos de Classificação (Reconhecimento de Padrões), partes I, II, III e IV (em português); Interpretação de trabalho da literatura, da escholha livre, da área de quimiometria aplicada - 3 apresentações pelos estudantes (8 de abril de 2003; em português)
Lectures No. 13, 14 e 15 (8, 10 e 15 April 2003): Classification Models (Pattern Recognition), parts I, II, III and IV (in portugese); Interpretation of literature works, by free choice, from the area of applied chemometrics - 3 presentations by students (8 April 2003; in portugues)
–Exercícios II/ Exercises II:Lista dos Exercícisos II (em português)/List of Exercises II (in portugese)Dados II/Data II

–Aula No. 16 (22 de abril de 2003): Ligação Química. Comprimento e Ângulo de Ligação, Ângulo de Torsão (em português)
Lecture No. 16 (22 April 2003): Chemical Bond. Bond Length and Angle, Torsion Angle (in english)

–Aulas No. 17 e 18 (24 e 29 de abril de 2003): Outros Parâmetros Estruturais (Geomêtricos) das Moléculas Pequenas. Análise Conformacional Estrutural (em inglês)
Lectures No. 17 and 18 (24 and 29 April 2003): Other Structural (Geometrical) Parameters of Small Molecules. Structural Conformational Analysis (in english)

–Aula No. 19 (6 de maio de 2003): Outros Parâmetros Estruturais (Geomêtricos) de Macromoléculas. Isomeria e Configuração e Conformação Absoluta (em inglês)
Lecture No. 19 (6 May 2003): Other Structural (Geometrical) Parameters of Macromolecules. Isomerism and Absolute Configurationand Conformation (in english)

–Aula No. 20 (8 de maio de 2003): Grupos Pontuais e Simetria. Simetria Molecular (em inglês)
Lecture No. 20 (8 May 2003): Point Groups and Symmetry. Molecular Symmetry (in english)

–Aula No. 21 (13 de maio de 2003): Ligações de Hidrogênio e Outras Interações Intra- e Intermoleculares. Complexos Moleculares (em inglês)
Lecture No. 21 (13 May 2003): Hydrogen Bonds and Other Intra- and Intermolecular Interactions. Molecular Complexes (in english)

–Aula No. 22 (15 de maio de 2003): Sistemas Cristalinos. Simetria Cristalina e Grupos Espaciais. Empacotamento Cristalino I (em inglês) - [É preciso receber uma Xerox copia do Suplemento no começo da aula]
Lecture No. 22 (15 May 2003): Crystal Systems. Crystal Symmetry and Space Groups. Crystal Packing I (in english) - [A Xerox copy of the Supplement is neccessary to get at the beginning of the lecture]

–Aula No. 23 (20 de maio de 2003): Empacotamento Cristalino II. Bancos de Dados Cristalográficos e Outros Bancos de Dados Úteis (em inglês)
Lecture No. 23 (20 May 2003): Crystal Packing II. Crystallographic Data Bases and Other Useful Data Bases (in english)
-Palestra sobre Cambridge Structrural Database / Lecture on Cambridge Structural Database

–Aula No. 24 (22 de maio de 2003): Tópicos Especiais da Química Teórica, Computacional e Estrutural I (em inglês)
Lecture No. 24 (22 May 2003): Special Topics in Theoretical, Computational e Structural Chemistry I, (in english)
Um brevíssimo manual e um exemplo de output para o programa PLATON / A very short manual and an output example for program PLATON
–Exercícios III/ Exercises III:Lista dos Exercícisos III (em português)/List of Exercises III (in portugese)
Esta lista de exercícios deve ser entregue IMPRETERIVELMENTE até o final da primeira semana de JUNHO!
A lista pode ser feita utilizando a versão DEMO de Pirouette./
This list of exercises has to be done and given at most at the end of the first week of JULY! The list can be done using the DEMO version of Pirouette.
–Exercícios IV/ Exercises IV:Lista dos Exercícisos IV (em inglês)/List of Exercises IV (in english)Dados III/Data III
Esta lista de exercícios deve ser entregue até o dia 10 de JUNHO! Após nesta data não vai ser possível entregar a lista. A lista pode ser feita utilizando programas PLATON com Raswin, e Piroutte./
This list of exercises has to be done and given up to 10th of July! After this date will not be possible to hand over the list. The list can be done by using programs PLATON with Raswin, and Pirouette.

–Aula No. 25 (3 de junho de 2003): Tópicos Especiais da Química Teórica, Computacional e Estrutural II (em inglês) - [É recomendavel fazer download do Suplementos A, B, C, D e E antes de começo da aula]
Lecture No. 25 (3 June 2003): Special Topics in Theoretical, Computational e Structural Chemistry II (in english)
- [It is recommended to download the Supplements A, B, C, D and E before the beginning of the lecture]

–Aula No. 26 (5 de junho de 2003): Introdução à Química Medicinal. Descritores Moleculares (em inglês) - [É recomendavel fazer download das seguintes Notas de Aulas sobre QSAR pelo H. Kubinyi antes de começo da aula: Ligand-Receptor Interactions, QSAR Parameters e Hansch and Free-Wilson Analyses.]
Lecture No. 26 (5 June 2003): Introduction to Medicinal Chemistry. Molecular Descriptors (in english) - [It is recommended to download the following Lecture Notes on QSAR by H. Kubinyi before the beginning of the lecture: Ligand-Receptor Interactions, QSAR Parameters and Hansch and Free-Wilson Analyses.]
O prazo para entregar a Lista dos Exercícios IV é prorrogado até o dia 12 de junho. Visite este site para ver se tiver mais mudanças do prazo!/
The deadline for giving the List of Exercises IV is prolonged up to 12th of July. Visit this site to see if there are more changes of the deadline!

–Aula No. 27 (10 de junho de 2003): Descritores moleculares II. Similaridade Química e Atividade Biológica. Introdução à Química Medicinal II. (em inglês) - [É recomendavel fazer download das seguintes Notas de Aulas sobre QSAR pelo H. Kubinyi antes de começo da aula: Similaridade Química e Atividade Biológica, Descoberta de Fármacos e QSAR Não Linear.]
Lecture No. 27 (10 June 2003): Molecular Desriptors II. Chemical Similarity and Biological Activity. Introduction to Medicinal Chemistry II. (in english) - [It is recommended to download the following Lecture Notes on QSAR by H. Kubinyi before the beginning of the lecture: Chemical Similarity and Biological Activity, Drug Discovery and Non-Linear QSAR.]
O prazo para entregar a Lista dos Exercícios IV é mais uma vez prorrogado até o dia 17 de junho!/
The deadline for giving the List of Exercises IV is prolonged once more up to 17th of July!

–Aula No. 28 (12 de junho de 2003): Metodologia de QSAR/QSPR. Exemplos de QSAR e QSPR. QSAR-3D (em inglês)  - [É recomendavel fazer download das seguintes Notas de Aulas sobre QSAR pelo H. Kubinyi antes de começo da aula: QSAR 3D, Análise de Farmacóforos and Virtual Screening. Também fazer download de pequenos suplementos: análise de farmacóforos pelo Catalyst, QSAR com COMFA, COMFA avancada e virtual screening.] Exemplos de QSAR/QSPR: inibidores de protease de HIV-1, propriedades físico-químicas de PAHs, derivados da omeprazola e logP de PCBs.
Lecture No. 28 (12 June 2003): QSAR/QSPR Methodology. Examples of QSAR and QSPR. 3D QSAR (in english) - [It is recommended to download the following Lecture Notes on QSAR by H. Kubinyi before the beginning of the lecture: 3D QSAR, Pharmacophore Analysis e Virtual Screening. Also download small suplements: pharmacophore analysis by Catalyst, QSAR with COMFA, advanced COMFA and virtual screening.] Examples of QSAR/QSPR: HIV-1 protease inhibitors, physico-chemical properties of PAHs, derivatives of omeprazole and logP of PCBs.

–Aula No. 29 (17 de junho de 2003): Gráficos Moleculares. Modelagem Molecular. Desenho de Fármacos. (em ingles) - [É recomendavel fazer download das seguintes Notas de Aulas sobre QSAR pelo H. Kubinyi antes de começo da aula: Desenho de Fármacos Através da Estrutura e Desenho de Fármacos Usando Computadores, Desenho Combinatorial de Fármacos.] Entrega da Lista dos Exercícios IV.
Lecture No. 29 (17 June 2003): Molecular Graphics. Molecular Modeling. Drug Design. (in english)  - [It is recommended to download the following Lecture Notes on QSAR by H. Kubinyi before the beginning of the lecture: Structure-Based Drug Design, Computer-Aided Drug Design and Combinatorial Drug Design.] Handing the List of Exercises IV.
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-Aula No. 30 (26 de junho de 2003): Apresentação dos Projetos I
Lecture No. 30 (26 June 2003): Presentation of the Projects I

-Aula No. 31 (3 de julho de 2003): Apresentação dos Projetos II. Comentários sobre as Listas de Exercícios.
Lecture No. 31 (3 July 2003): Presentation of the Projects II. Comments on the Lists of Exercises.

Mais do que uma aula prática foi dada pela Profa. Márcia fora do horário oficial, para ensinar os estudantes como fazer análise quimiométrica com dados concretos. Com isso, número total das aúlas é maior de 31./
More than one practical lecture was given by Profa. Márcia out of the official time, to teach the students how to make chemometric analysis on some concrete data. With that, the total number of the lectures is greater than 31.
 
 

AVISO: Quem quer participar no cursinho sobre o uso de Cambridge Structural Database em agosto ou setembro, por favor mandar um e-mail com nome e e-mail completo para Profa. Márcia ou Rudolf,  para nos teremos possibilidade de contactá-lo na hora certa!/
ANNOUNCEMENT: Who wants to participate the minicourse on the use of the Cambridge Structural Database in August or September, please send an e-mail with the complete name and e-mail to Profa. Márcia or Rudolf, so we can contact you right at the time!

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Materiais Didáticos Relacionados ao Curso / Didactic Materials Related to the Course
 

Links às publicações da Profa. Márcia M. C. Ferreira / Links to the publications of Prof. Márcia M. C. Ferreira

Quimiometria Teórica e Aplicada / Theoretical and Applied Chemometrics:
Publicações No. / Publications No.    14, 15, 17, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27,28, 29, 31, 32, 34, 39, 43, 44, 45, 46, 49, 55, 56, 59, 61, 62

SAR/QSAR, SPR/QSPR, SSR/QSSR:
Publicações No. / Publications No.     16, 30, 33, 35, 36, 37, 38, 40, 41, 42, 47, 48, 50, 51, 52, 53, 54, 57, 58, 60

Gráficos e Modelagem  Molecular / Molecular Graphics and Modeling:
Publicações No. / Publications No.     13, 18, 35, 36, 38, 51, 52, 53, 57
 
 

Links externos (internet) / External links (internet)
 

Molecular Descriptors and QSAR Web News, Chemometrics Web News: http://www.disat.unimib.it/chm/WebMagazine.htm, http://www.disat.unimib.it/chm/Chemometrics.htm  -  University of Milan, Italy

Computational Chemistry List (CCL): http://server.ccl.net/  - USA

The QSAR and Modelling Society - Resources: http://www.ndsu.nodak.edu/qsar_soc/resource.htm  - USA

Homepage of Chemometrics: http://www.acc.umu.se/~tnkjtg/chemometrics/  - Umeå University, Sweden
Tutorials on Chemometrics: http://www.acc.umu.se/%7Etnkjtg/chemometrics/tutorials.html

Chemometrics World - Spectroscopynow.com: http://www.spectroscopynow.com/Spy/basehtml/SpyH/1,1657,2-0-0-0-0-home-0-0,00.html

Commission on Crystallographic Teaching Teaching Pamphlets : http://www.iucr.org/--> Teaching Pamphlets   or http://www.iucr.ac.uk--> Teaching Pamphlets   - International Union for Crystallography
Recommended articles to download:
1. A non-mathematical introduction to X-ray diffraction by C. A. Taylor
2. An introduction to the scope, potential and applications of X-ray analysis by M. Laing
6. Pourquoi les groupes de Symétrie en Cristallographie by D. Weigel
9. Rotation Matrices and Translation Vectors in Crystallography by S. Hovmöller
10. Metric Tensor and Symmetry Operations in Crystallography by G. Rigault
11. The Stereographic Projection by E. J. W. Whittaker
13. Symmetry by L. S. Dent Glasser
14. Space Group Patterns by W. M. Meier
15. Elementary X-Ray Diffraction for Biologists by Jenny P. Glusker
21. Crystal Packing by Angelo Gavezzotti (download here! - www download does not work)
22. Matrices, Mappings and Crystallographic Symmetry by Hans Wondratschek

Lecture Notes on QSAR by H. Kubinyi: http://home.t-online.de/home/kubinyi/
 

Materiais especiais para fazer download / Especial materials to download
 

Conformation of alkanes and cycloalkanes: Chapter 3 from F. A. Carey: Organic Chemistry, 4th ed., McGraw-Hill Co., NY, 2000.
 
 

Se usar qualquer programa ou banco de dados, deve ser citado (o programa ou banco). If using any program or database, it (the program or database) should be cited.
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Sofware para visualização de estruturas moleculares / cristalográficas (gráficos moleculares) /
Sofware for visualization of molecular / crystallographics structures (molecular graphics):
 

Raswin para Windows ou Rasmol para outros sistemas / Raswin for Windows or Rasmol for other systems:
http://www.rcsb.org/pdb/help-graphics.html --> Rasmol  ou diretamente / or directly   http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/
 


Mercury para Windows ou outros sistemas / Mercury for Windows or other systems: http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/mercury/index.html --> Mercury Download --> etc.
Download: http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/mercury/1_1_2/mercury_download_js.html
Documentação (manual) / documentation (manual): http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/mercury/docs/mercurydocn.pdf
 


DS ViewerPro 5.0, demo (30 days trial), Accelrys Inc.: http://www.accelrys.com/dstudio/ds_viewer/
Informação básica / Basic information
 


VMD - Visual Molecular Dynamics, University of Illinois at Urbana-Champaign, IL, USA: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

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Sofware para análise de estruturas moleculares / cristalográficas (análise estrutural) /
Sofware for analysis of molecular / crystallographics structures (structural analysis):
 


PLATON for Windown v. 2000, download:    files1    e / and   files2
Instruções detalhadas / Detailed instructions, University of Utrecht, The Netherlands: http://www.cryst.chem.uu.nl/platon/

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Software para cálculo de propriedades moleculares / Software for calculation of moleculare properties
 

Dragon Web 3.0, University of Milan, Italy: http://www.disat.unimib.it/chm/Dragon.htm
Input em SMILES format e alguns outros formatos / Input in SMILES and some other formats.
O documento compactado contem a apresentação de Dragon em ppt / The compressed document contains representation of Dragon as ppt.
Lista de descritores moleculares / List of molecular descriptors: list

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LogP cálculos usando SMILES formato de moléculas / LogP calculations using SMILES format of molecules:
 

ALOGPS 2.1, Virtual Computational Chemistry Laboratory: http://146.107.217.178/lab/alogps/--> start the program
 


Molinspiration, SMILES builder: http://www.molinspiration.com/services/logp.html

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Sofware para similarity search / Sofware for similarity search:
 


Molinspiration, SMILES builder: http://www.molinspiration.com/services/index.html --> Substructure, similarity and pharmacophore similarity searches

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Sofware para otimização de geometria molecular (métodos químico-quânticos) / Sofware for molecular geometry optimization (quantum-chemical methods):

Hückel MO, MOPAC, Gaussian, Gamess, University of Tasmania, Australia: http://www.chem.utas.edu.au/staff/yatesb/honours/modules/faces.html  -->
--> Hückel interfaces
--> MOPAC interfaces
--> Gaussian interfaces
--> Gamess interfaces
Um exemplo e input e output para o MOPAC: An input and output example for MOPAC: http://www.chem.utas.edu.au/staff/yatesb/honours/modules/mod3/m_input.shtml
 

MOPAC 6.0 para Windows / MOPAC 6.0 for Windows:   program    e / and    manual
Input somente com coordenadas internas / Input only with internal coordinates

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Software para análise quimiométrica / Software for chemometric analysis
 


The QSAR server, The University of North Carline, Chapel Hill, USA: http://mmlin1.pha.unc.edu/~jin/QSAR/


The Nucleic Acid Database, The Rutgers University, New Jersey, USA: http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/index.html
 


The Protein Data Bank, The Rutgers University, New Jersey, USA: http://www.rcsb.org/pdb/
Mirror site, Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Belo Horizonte, MG, Brasil: http://www.pdb.ufmg.br/pdb/
Tem várias ferramentas para análise/visualização de biomacromoléculas e links para outros bancos de dados. / There are various tools for analysis/visualization of biomacromolecules and links for other data banks.
 


The Cambridge Structural Database at NCSA Chem Viz, Univ. Urbana-Champaign, Illinois, USA: http://chemviz.ncsa.uiuc.edu/content/homenew.html  -->  Tools  --> CSD
ou diretamente / or directly http://chemviz.ncsa.uiuc.edu/content/run-csd.html
É preciso se cadastrar para obter a conta e senha / It is neccessary to obtain first  login  and password: http://chemviz.ncsa.uiuc.edu/content/request_account.html
Informações básicas deste banco de dados na página de CCDC, Cambridge Crystallographic Data Centre / Basic information about this database on the page of the CCDC, Cambridge Crystallographic Data Centre, University of Cambridge, UK: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Se usar ester banco de dados, deve ser citado (o banco) bem como o proprietário (NCSA Chem Viz). / If using this database, it (the database) and its owner (NCSA) should be cited.
 


NIST Chemistry WebBook at NIST, USA: http://webbook.nist.gov/chemistry/ --> Search Options   ou diretamente / or directly  http://webbook.nist.gov/chemistry/#Search
 


Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) Database, Toyohashi University of Technology, Japan: http://chrom.tutms.tut.ac.jp/JINNO/DATABASE/00database.html
 


Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Structure Index, NIST, USA: http://ois.nist.gov/pah/
Introdução / Introduction
 


WebElements.com at University of Sheffield, UK: http://www.webelements.com
 


3D Molecular Modeling Home Page, Tokyo University of Pharmacy and Life Science: http://triton.ps.toyaku.ac.jp/~dobashi/database/indexe.html
 


The IMB Jena Image Library of Biological Macromolecules, University of Jena, Germany: http://www.imb-jena.de/IMAGE.html
Tem várias ferramentas para análise/visualização de biomacromoléculas e links para outros bancos de dados. / There are various tools for analysis/visualization of biomacromolecules and links for other data banks.
 


The Metalloprotein Database and Browser, the Scripps Research Institute, La Jolla, CA, USA: http://metallo.scripps.edu/
 


PROLYSIS - a protease and protease inhibitor Web server, University of Tours, France: http://delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis/
 


Database for Anti-HIV Compounds, NIAID-NIST, USA: http://www.niaid.nih.gov/daids/dtpdb/protinh.htm
 


Proteinase Inhibitor Database, the University of York, UK : http://www.ysbl.york.ac.uk/~proteinase/
 


HIV Protein Database, National Cancer Institute, USA: http://mcl1.ncifcrf.gov/hivdb/index.html
 
 
 

Links para vários bancos de dados estruturais / Links for various structural databases:
http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html
http://www.bio.unizh.ch/db/
http://www.xtal.iqfr.csic.es/ing/assistance.html
http://www.kisac.ki.se/education/courses/kth03/strdbs.html
http://www.life.uiuc.edu/z-huang/structldbs.html
http://swarna.ncsa.uiuc.edu/structdbs.html
http://www.rcsb.org/databases.html
http://www3.oup.co.uk/nar/database/cat/11
http://www.biochem.ucl.ac.uk/~robert/bioinf/lecture2/
etc.

Organic Chemistry Database, Colby College, Waterville, Maine, USA : http://www.colby.edu/chemistry/cmp/cmp.html
 

Klotho - Biochemical Compounds Declarative Database: http://www.biocheminfo.org/klotho/
 

Development Therapeutics Program, NCI-NIH, USA: http://dtp.nci.nih.gov/
Bancos de dados com atividades biológicas / Databases with biological activities
 

Integrated Spectral Data Base System for Organic Compounds, AIST, Japan: http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/sdbs/owa/sdbs_sea.cre_frame_sea

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